首先通过自己参加的水战，赵昺已经发现随着火器在战船上的广泛应用，水战的形式已经从过去的近距离的肉搏战，转变为远距离非接触作战，通过打击敌军的作战平台来取得战斗的胜利。这样一来，曾经作为水战主力的战兵已处于闲置的状态，除了摇旗呐喊没有什么实用意义。
大家都知道行舟海上，除了变幻莫测的气候变化外，补给困难也是严重的问题。而战兵上船不仅挤占战船上有限的空间，还要消耗大量的淡水和生活物资，若是减少，或是不配属战兵，则可以腾出不少空间，节约大量的生活物资。如此一来，战船就可以转而携带更多的作战和生活物资，增强自持力和续航力，减少靠岸补给的次数，提高作战效率。
当然赵昺也不会将战兵一裁了之，不仅战兵的数量众多，几乎占据了水军兵额的半数，他打算将这些兵丁改编成海军陆战队。他十分清楚要想发展必定要进行频繁的渡海作战，在这个年代其实水军和步军的界限十分模糊，步军上了船就是水军，下了船就是步军，并没有专门的陆战队编制。而琼州水军这些战兵长期随船作战，已经具备了天然的基础。
大家都知道陆战队是指海军中担负渡海登陆作战任务的兵种，有的国家称海军步兵。以运输船或舰艇为运输工具，担负从海上登陆作战或为后方大部队，大面积全面进攻作战作开路先锋。且可以担负两栖登陆、反登陆、抢占礁岛、渡口、桥梁及应急作战等任务，是特别训练用来执行两栖突击作战的步兵。
登陆作战可以说是最危险的作战行动，进攻方必须经过一段开阔的没有任何阻挡的海面。兵力、物质投送依赖登陆舰艇，而登陆艇往返需要时间，且作战物资卸载地是一条线，不是像大陆战的一个面。因为完全没有隐蔽物，进攻一方士兵纯粹就是活靶子，一旦部队被压制在滩头，很容易遭到重大伤亡。即使登上滩头，防守一方也可以从后方调动预备队，组织反击，给登陆方造成重大伤亡甚至赶下海。
元军此次渡海而来就是因为一直无法抢夺滩头而导致整个作战行动失败的。而陆战队就是担负这项艰巨任务的，他们接受两栖联合作战训练，能从海上的运输船来登陆岸边的陆地，包括敌人的城市或是敌人所占据的地方。在协同陆军登陆时，通常担任登陆先遣队，首先突击上岸，保障后续梯队登陆；也可配合陆军继续担负海岸防御任务。
手里有一支现成的力量，赵昺当然不能放过。因此战兵脱离舰船部队，独立成军毫无疑问的势在必行。由此下船的战兵数量将有两万人左右，正好可以编成两个师，但他打算仍将陆战队划归水军司管理，算是其一个分支力量，毕竟他们还需依托水军完成跨海登陆及需要其火力支援，而编制暂时先参照步军进行设置。
解决了水军划分的问题，赵昺面临的是如何对各种战船进行编组。当下琼州水军战船按照吨位大小划分，有百石以下的小船，也有万石的大舟，跨度很大。其中最多的是介于千石至两千石之间的战船最多，其次是五百石至千石的舟船，多数都是缴获的战船或商船通过改造入列，标准也难以统一。
如果按照作战性能划分，既有用于突击作战的龟船，也有专门用于火力打击的火箭船和炮船，还有综合性的大、中型战船及辎重船、运输船、医疗船。另外就是侦察和巡海用的哨船，转运人员的小艇等等专用船只，此外还有自己的巨舟，当然这只是赵昺自己的分法。
这个时代还有名称各异的战船，作战时位于最前列的战船叫“先登”；还有狭而长的冲击敌船的战船“艨艟”；有又轻又快如奔马的赤色快船叫“赤马”；此外，有上下都用双层板的叫“槛”，四面设板防御矢石，其内如牢槛的重武装船。还有主力战舰露栈、冒突、戈船等等。楼船、戈船都是大战船，此外还有号称更大的船，豫章大舡上面起宫殿，可载万人。当然“万人”也许太夸张了，千人还是可以做到的。
赵昺想想还是按照用途划分比较合适，这样即使作战的需要，也便于统一调度和训练。于是他将三千石以上，自持力时间长，并具有远航能力，配备弩炮和火箭发射器，可独立作战的战船称作甲级战船支队。这样既可作为一个编队的旗舰，也可以自行编队进行远海作战。
三千石以下，二千石以上的战船称为乙级战船，这类船战船用途很多，既可以作为运输船，也可以作为火力舰，还可以作为护航之用，是水军的主力战船。于是赵昺将这些中型船和用途相同的两千石一下，千石以上的丙级战船混编成运输支队、火力打击支队。可以根据需要编队进行作战，也可以独立使用。另外赵昺还将龙船编成突击支队，近海巡查支队等。
赵昺计划针对战船功能不同制定相应的训练计划，使用统一的标准和条令进行专业训练，然后通过与其它战船根据任务的不同进行合成演练，从而形成战斗力，作战时就能根据作战形式抽调各种战船组成编队，而不是乌龟、王八一起上的局面。
战船各自编队了，但是也不会都给他们单独建个水寨，赵昺计划将三个水营变成水警区，平时战船依托各个水警区进行训练和