变故发生在鹿目圆成为神“数天后”，有一个魔法少女的能力是占卜。
这个魔法少女预言了幻想小宇宙的毁灭，并且最终得到了人类高层的信任，人类高层建造了一个个围墙笼罩的生存基地市，同时丘比也开始公开出现大量制造魔法少女。
预言出现几个月后，异宇宙的深渊恶魔降临了。
战争持续了几年时间，幻想小宇宙这边完全落在下风不是对手。
最后眼看整个幻想小宇宙要毁灭了，丘比提出了一个办法。
大量有魔法少女资质的少女，共同向丘比许愿封闭整个幻想小宇宙，隐藏整个幻想小宇宙不被更多深渊恶魔发现，断绝幻想小宇宙内所有深渊恶魔的援兵。
他们成功了，整个幻想小宇宙自我封闭形成内部能量循环。
深渊恶魔得不到异宇宙深渊的支持，死一个深渊恶魔就少一个，幻想小宇宙内以晓美焰为首的魔法少女，开始一点点占据上风，将深渊恶魔一个个斩杀最后一个都不剩。
战争终于胜利了，然而真正的灾难才真正开始。