而【绝对能力者进化计划】，则是一个为了让lv5成为lv6的黑暗计划。
学园都市能力开发的终极目标是“-成为宛如神明意旨一般降落凡尘的人”，为了更进一步靠近神而需要创造出超越人类的存在——绝对能力者（level6），以超越人类的存在理解神明的意志。为此诞生了“绝对能力者进化计划”。
经过“树形图设计者”精密演算，学园都市中的七名超能力者中只有排名第一的一方通行有机会进化为绝对能力者（level6），但是需要二百五十多年的一般课程训练才能进化为绝对能力者（level6）。因为没有能使人能够活二百五十年的方法，因此“树形图设计者”有找出了另一种方法，那就是利用实战来促进能力的增长，即准备好特定的战场，让战斗依照计划进行以掌控“实战中能力增长”的方向性。
根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好一百二十八种战场将超电磁炮杀害一百二十八次，一方通行便可以进化为绝对能力者（level6）。但是因为无法准备一百二十八个超电磁炮，所以实验将目标锁定在同时期进行的“能力者量产计划”中的“妹妹们”。
由于量产型的“妹妹们”具有的能力不及其素体超电磁炮的1%——也就是“level2”的程度，因此根据“树形图设计者”的演算结果，只要准备好两万种战场及两万名“妹妹们”也可以达到相同的目的。最初的9802项实验在研究所内进行，而剩下的10198项实验则需要在户外进行，由于涉及到尸体处理问题，所以战场集中在学园都市的第七学区。
“这就是和逃离有关的一切，以你的基因为蓝本，制作出的第一个克隆人就是桃莉。”秦时十六夜说到。
不知是被秦时十六夜所叙述的庞大信息量冲击到了，还是被这两个计划的黑暗程度刺激到了。
“为什么....学园都市会....做出这种事....”御坂美琴失神般的喃喃自语到。
“真是天真呢。”食蜂操祈好似嘲笑般的说到。
学园都市七位lv5中，第一位一直没人管，第二位和第四位组建了自己的暗部，第六位一直不见人影，第一位就是一个热血笨蛋，而身为第五位的食蜂操祈因为能力也知道学园都市黑暗。
可以说唯独御坂美琴一个lv5还没有接触到学园都市黑暗。
“抱歉....都是我的缘故...都是我的错....”御坂美琴扯住了桃莉的衣服失声痛哭着说到。
反手抱上御坂美琴，桃莉温柔地说到：“这不是你的错，错的是学园都市。”
“但是...如果不是我的dna，你们也不会被一方通行....”
“如果是妹妹们的话，一个都没死哦。”桃莉笑着说道。
“诶？！”御坂美琴顿时一愣。
“这都要感谢十六夜呢。”桃莉看向了喝着可乐的秦时十六夜，“大概是四年前，逼近五年吧，十六夜突然闯进了才人工房，把我和小祈直接强行带了出来，说真的当初我和小祈都被吓了一跳呢，没想到世界上会有那么乱来的人。”
“我那么乱来还真是抱歉啊。”秦时十六夜笑着说道。
笑了笑，桃莉继续说道：“在把我和小祈安顿好后，十六夜就开始着手破坏绝对能力者进化计划了，到计划结束为止，一共9000多名妹妹被十六夜救了下来。”
“九千多名妹妹...没事！”御坂美琴顿时惊喜地说到。
“嗯。”桃莉点了点头，“但是，还有将近10000名妹妹死掉了。”
听到桃莉的话，御坂美琴原本欣喜的脸顿时僵住了。
“被那群科学家摆了一道，进行的实验的总共有两个人。”秦时十六夜不爽地说到，“除了一方通行之外还有一个叫五十岚阳的，在白毛被我打趴下后，那家伙的实验还在继续，知道六天前才被我发现。”
“六天前。”听到这个时间，御坂美琴和其余人顿时想到了六天前的那场大灾难，原来致使秦时十六夜暴走的原因.....是那个五十岚阳吗？
“抱歉了，御坂，那将近10000名的妹妹，我没能救下来。”秦时十六夜抱歉地对御坂美琴说到。
“不...我要谢谢你，谢谢你救了那九千多名妹妹。”御坂美琴擦去了眼角的眼泪说到，“要说抱歉的是我，是我的错。”
“现在道歉什么的就免了吧。”一直沉默不语的食蜂操祈和黑雪姬同时说到。
一边拿出百奇，黑雪姬一边对御坂美琴说到道：“既然事情都发生了，后悔也没什么用，还不如尽可能的去解决这件事。”
“就是，你可是我最有力的竞争对手，现在看你这副哭哭啼啼的样子，我都不禁为自己一直在和一个小孩子竞争感到羞耻。”食蜂操祈淡淡地说到，不过对御坂美琴来说，这种话反而最能让其振作起来。
拍了拍手，秦时十六夜说到：“好了，致郁的话题就到此为止，现在先好好享受旅行吧，看看外面。”
被秦时十六夜这么一说，众女齐齐看向了车窗外。
“是大海！”by黑雪姬。
“有段时间没有见到海了呢。”by御坂美琴。
“大海啊......久违的玩一次吧。”by食蜂操祈。
“终于见到了，大海！”by桃莉。