青马原来已部署在北岸的骑兵部队直接奔了青海，逃出兰州的部队先已经溃散了一部分，剩下的大部分到了甘肃永登，据说聚拢起来的人员有5、6百人。按照马步芳的意图，甘肃籍的士兵均遣散了，青海籍的士兵则先整队回青海，但结果路上也大都溃散了。兰州战役，青马团长以上的头目几乎都溜了出来，最后大概是在30日，大小头目们都集中到了青海甘肃交界的享堂，随后又带着已为数不多的士兵逃到了西宁西面的三角城和南面的上五庄。
9月4日，独立骑兵第11师到达西宁城外，第一件事情是构筑工事，害怕青马反袭。实际上，当时西宁城其实已经没有一个成建制的青马步兵班了。9月5日，11师入城，西宁光复。
部队光了，主子飞了，以封建统制为特征的青马军队的头头脑脑，在精神意志彻底崩溃后，此刻表现的非常民主，在骑兵四团团长赵臻、骑兵二团副团长马振武主持下，大家开会畅所欲言，讨论怎么办。马振武说，能走的都走了，我们对他们父子也没有效不完的忠。马麒留下的信是要“娃们”卸甲归田，枪埋起来，等待时机继续杀汉狗。如果真能这样倒也简单，大家散伙各自回家就行了，但这些大“娃们”现实的问题是先要看国防军怎么处理他们。讨论来讨论去，看来是，无论怎么害怕国防军算历史旧账（大“娃们”其中不少有汉人血债），都只有投降一条路。随着山东回人上层人士组织的劝降团的到来，这些无首的群龙或者说是塌了窝的猢狲开始与国防军接洽投降事宜。9月8日，残余的青马官兵2800人（含青海两个新建保安团和一部分真神军的老弱）在三角城和上五庄，宁马援军残部在门源向国防军交械投降。青马军事集团自此终结。“青马股份”从此“退市”了。
青马枭雄马麒、马步芳、及重要头目马步鸾、马仲英等逃亡在外，马步青却没有从天津逃海外，后来大军光复天津的时候向政府自首，得以宽恕。留下来的重要头目多数没有好下场，这倒不是国防军不讲信用（投降时，国防军承诺既往不咎），搞秋后算账。恰恰相反，国防军碍于民族政策对这些人相当宽大，开始没有一个关押，只为这些人办了几个月的半封闭学习班，期间行动相当自由。问题是这些人骨子里宗教情节浓厚，反汉反异族的思想是他们的本性，在度过了军事崩溃带来的的精神崩溃期后，这些人开始蠢蠢欲动，或明或暗的策动叛乱。虽然这些叛乱都成为泡影（他们以为情调处贺老总的手里那些小药丸是那么好吃的，一个个植入的窃听器不知疲倦的抖搂这他们的密谋，之所以在叛乱的前夜才动手抓人，原因你懂的）。
既然给脸不要脸，那么新账老账一起算。搞明的骑兵留守团的马英，骑二团团副马振武，真神军的干将马成贤率众拒捕，被大汉师包围了住所，一顿燃烧*弹之后，全家一起升天。青马老将马保海被俘后当众审判枪决，倒是没有连累家人，虽然他的家族被驱逐入大戈壁后再也没有出来。搞暗的，骑四团团长赵臻、步兵三团团长谭呈祥、团副长杨修戎、直属骑兵营营长韩起功则在逃亡路上被西安方向赶来的飞行队给练习了对地射击，几个大车队的男女老少在无遮无拦的大戈壁上遇上一群雨燕对地攻击机和三架大雁轰炸机，三分钟都没撑下来就团灭了，或许有个把幸存的，但是人会装死马却没有进化到这种程度，所以就算毫发无损也没有了马匹，想在这个大戈壁上逃走是科幻片。至于派人去打扫战场？没必要了，晚上的戈壁滩的狼群就会勤勤恳恳的打扫干净，不管死活都绝不会给国防军添麻烦。
后来马麒在四川境内过路的时候被袍哥在嘉陵江上搞了个拦江收费，一家老小被洗劫的精光，然后被热情的四川袍哥邀请这些马背上长大的童鞋在嘉陵江里练习水性，显然从重庆打捞出来的浮尸数目来看，他们无一幸免。马步芳后来也不知所踪，但是在后来的情调处档案中发现了“疑似遇难”的结论。得到善终的青马重要头目只有那位走过大草原到了天津的马步青，此人后来做了宗教研究所的研究员，写了不少回忆文章发表。
综观青马，以其士兵的剽悍奋勇，在清季几十年征战中胜多败少，最终不能抗拒历史潮流，为强大的国防军所扫荡。