但是，他在对当时王叔和整理的《伤寒论》版本进行研究时，却发现了一些编次上的问题，这个问题较喻嘉言稍微早一点的医家方有执已经提出来了，喻嘉言也持这种观点，他认为《伤寒论》原来不是这个样子的，原来的竹简已经都散乱了，王叔和在把这些散乱的竹简整理到一起时，好多地方给排错了（这让人冷汗直冒），应该按照仲景方子中显示出的法则，把这些错简再给排列一下，这就是《伤寒论》研究史上著名的“错简派”，此派影响甚大，后世的许多医家都是按照这个思路来研究《伤寒论》的。
为了更好地给同学们讲述这个理论，喻嘉言教授把这个思想整理了一下，写成了两本书：《尚论篇》四卷、《尚论后篇》四卷，作为教材，发给同学们学习。
虽然此时的喻嘉言已经心境平和了，但是在学术问题的讨论上，还是显得激动了一点，对王叔和同志说了些过头话，他说王叔和整理的《伤寒论》是“碎剪美锦，缀以败絮，盲瞽后世，无由复睹黼黻之华”等等。当然，在喻嘉言教授晚年的时候，对这个问题自己做了深刻的检讨，向王叔和同志做了道歉。
在这两本书中，如何使用《伤寒论》中的方子在我看来其实没有什么特别重要的，毕竟经方俱在，大家按照自己的心得去使用就可以了，这两本书中最为重要的，是喻嘉言教授突出地讲述了温病的思想。
温病？什么是温病？
现在的中医对外感病的治疗分为两大派，一个是伤寒派，他们认为仲景论述的伤寒是一切外感病的统称，伤寒方可以治疗一切外感病；另一派就是温病学派，他们认为仲景只是讲了寒邪侵袭人体的情况，世界上还有一种寒邪之外的温热之邪，这种温热之邪侵袭人体后，治疗方法与伤寒是不一样的，这一学派到了清朝逐渐发展成熟了，现在已经影响到了我们治疗外感病的各个领域，这个温病学派的出现，是中医学说进步的表现。
那些说中医从来都没有进步的说法是错误的，中医理论在历代医家的艰苦努力下，一直在不断地完善着，从来都没有停止过。
那么温病理论是怎么出现的呢？这里面就有我们喻嘉言教授的一份功劳，喻教授提出温疫之邪由口鼻而入（一开始温病是和瘟疫在理论上联系在一起的），直入中道，流布三焦，对于上、中、下三焦要分